El Museo Ana Frank se encuentra en Prinsengracht 263, próximo a la Westerkerk, y si no fuera por la tristísima historia que lo dio a conocer el edificio pasaría totalmente inadvertido, opacado por otras construcciones más atractivas.

Cuando los alemanes ocuparon la ciudad en 1940, un comerciante judío llamado Otto Frank trasladó su empresa Opekta, dedicada al comercio de especias, de Singel 400 al edificio de Prinsengracht. Como muchas de las casas de Amsterdam, la nueva sede de Opekta contaba también con dependencias en el fondo, a las que llamaban "la casa de atras" (achterhuis). Cuando las deportaciones de judíos se fueron haciendo más frecuentes, Otto Frank comenzó a acondicionar esta casa de atras a modo de refugio donde poder ocultarse en caso de peligro. Y eso ocurrió el 6 de julio de 1942. La familia completa se ocultó en el fondo: Otto, su esposa Edith y sus hijas, Margot y Ana, disimulando la entrada mediante una biblioteca. Una semana más tarde se unieron a ellos los esposos Van Pels y su hijo y en noviembre un amigo de la familia, Fritz Pfeffer.
Las ocho personas convivieron encerrados en la casa, ayudados por unos pocos amigos que conocían el refugio y que les porporcionaban sustento, hasta que fueron delatados -nunca se supo exactamente por quién- y deportados el 4 de agosto de 1944.

Desde que comenzó el encierro, la pequeña Ana que sólo contaba con 14 años, escribió en un cuaderno a modo de diario personal sus vivencias en este ámbito, sus relaciones con las otras personas, sus emociones y sus diferentes estados anímicos, propios de su paso a la adolescencia. En sus escritos habla de su intención de convertirse en escritora y publicar su diario una vez la guerra finalizada.
Ana no sobrevivió a los horrores de los campos de deportados; al igual que su hermana Margot, falleció de fiebre tifoidea en Bergen-Belsen, se cree que poco tiempo antes de que los aliados liberaran el campo. De los ocupantes de la casa, sólo Otto Frank regresó y fue quien decidió publicar el diario de su hija, tal como había sido su deseo.

Cuando Otto regresó, fue recibido calurosamente por sus amigos y protectores y la casa era aún sede de la empresa, pero estaba muy mal conservada y a punto de ser demolida junto a otras casas del entorno. Otto Frank luchó activamente para que fuera preservada, lo que consiguió con la presión y el apoyo de la opinión pública y fondos cedidos por el alcalde de Amsterdam para restaurarla. El 3 de mayo de 1960 se inauguró el museo Casa de Ana Frank, con la intención de modernizar la "casa de adelante" para convertirla en un centro internacional de jóvenes y mantener la "casa de atras" como museo.

La popularidad alcanzada por la publicación del diario de Ana Frank hizo que gran cantidad de visitantes llegaran al museo, que debió cerrar un par de veces para mantenimiento y ampliaciones. Actualmente recibe alrededor de un millón de visitantes al año, que se muestran especialmente conmovidos al visitar la "casa de atras", donde aún se conservan fotos y afiches que Ana pegara en las paredes, unas rayas que Otto iba haciendo en la pared para marcar el crecimiento de sus hijas, un mapa de Normandía donde Otto señalaba el avance de los aliados y, por supuesto, los facsímiles del diario de Ana, compuesto en realidad por varios cuadernos y muchas hojas sueltas. También se exhiben en el museo gran cantidad de objetos personales de la familia Frank y los demás compañeros de refugio, así como material relacionado a la publicación del diario, su adaptación teatral y cinematográfica, cartas de lectores, etc.