Una antigua casa que fuera construida entre 1606 y 1607 y en la cual vivió el, sin duda, más célebre de los pintores holandeses entre 1639 y 1658 fue transformada con el tiempo en un museo dedicado a su obra.

Cuando Rembrandt compró la casa en 1639, la zona estaba habitada por ricos comerciantes y artistas, y aunque ya gozaba de cierta reputación como pintor, la suma a pagar por la casa era bastante elevada y tuvo muchas dificultades.
El mismo año en que la adquirió recibió una buena suma de dinero por su famosa obra "La ronda de noche", pero sin embargo no pudo -o tal vez no quiso- cancelar su deuda. Tras numerosos e infructuosos intentos posteriores para cumplir con los pagos, en 1656 sus acreedores lo declararon en bancarrota, le quitaron la casa y expropiaron sus obras, su colección de arte y demás pertenencias. Todo fue vendido para cancelar lo adeudado.
Rembrandt, sumido en la soledad y la pobreza, se vio forzado entonces a alquilar una pequeña casa en el Rozengracht, donde permaneció hasta su muerte en 1669.

La antigua casa de Rembrandt fue dividida en dos y ocupada sucesivamente por numerosas familias hasta fines del siglo XIX, lo cual le provocó un gran deterioro. Sólo se salvó de ser demolida por haber sido ocupada por tan famoso personaje.
Fue en 1906, en ocasión de la exhibición organizada para conmemorar los 300 años del nacimiento de Rembrandt, cuando el gobierno de la ciudad decidió la compra de la antigua y deteriorada casa para fijar la sede de la Fundación Casa de Rembrandt, que tenía como objetivo devolver a la casa el aspecto que tenía a mediados del siglo XVII.
Finalmente se optó por una aproximación contemporánea, y en 1911 la Reina Guillermina inauguró el museo.

Durante los primeros años la colección de aguafuertes creció sostenidamente gracias a regalos y adquisiciones. Pero fue durante los años '90 cuando se dio el mayor desarrollo, con la compra de predios adyacentes y la posibilidad de ampliar el museo. El agregado de una nueva y moderna ala junto a la antigua casa permitió por fin su restauración, aproximadamente como se encontraba cuando Rembrandt vivía allí. En 1999 la restauración se dio por completada.

En la actualidad, además de la colección de trabajos del maestro, que incluye sus famosos aguafuertes de paisajes, retratos y autorretratos, escenas cotidianas y desnudos y sus grabados en cobre, el Museo Casa de Rembrandt presenta recreaciones de las habitaciones en donde solía pintar o dar sus clases y exhibe también obras de quienes fueran sus maestros durante sus primeros años en Amsterdam, Pieter Lastman y Jan Pynas, quienes influyeron mucho en sus obras, y trabajos de algunos de sus discípulos, sobre quienes a su vez él influyó notablemente.