El ilustre José Leite de Vasconcelos fundó el Museo Nacional de Arqueología en el año 1893, con la idea de convertirlo en un "museo del hombre portugués", un espacio donde se estudiara y expusiera la historia completa del país, desde los asentamientos humanos originarios hasta su constitución como nación.

El museo fue instalado en un edificio longuiforme que antiguamente formaba parte del conjunto del Monasterio de los Jerónimos. Esta ubicación privilegiada favorece la afluencia de gran cantidad de visitantes de todo el mundo y especialmente de entidades educativas.

Las colecciones iniciales del museo estaban integradas por objetos de la propiedad de Vasconcelos así como donaciones particulares y provenientes de otros museos. Organizadas históricamente, abarcan desde el paleolítico hasta la Edad Media, y consisten en elementos arquitectónicos (frisos, capiteles, ladrillos, mosaicos), armas (espadas, puntas de lanza, puñales), figuras en bronce, cerámicas, epigrafías y estelas funerarias, monedas antiguas, esculturas y una preciosa colección de orfebrería. También hay una sala dedicada a las antigüedades egipcias donde se exponen máscaras funerarias, sarcófagos y otros objetos.

El museo cuenta además con una de las más importantes bibliotecas especializadas en arqueología, que guarda una colección de más de veinte mil monografías, publicaciones, manuscritos, libros antiguos y también la propia colección científica y literaria legada por el fundador del museo, quien falleció en 1941. Esta colección, la "joya" del museo, consiste en alrededor de 8000 títulos, abundante correspondencia que intercambiaba con otros investigadores y también de terceros que él había adquirido (cartas de Almeida Garrett, de Alexandre Herculano o firmadas por la reina María II o el rey Fernando II, por ejemplo), y manuscritos suyos y de sus colaboradores.

Las actividades del museo no se agotan en las exposiciones sino que abarcan también los ámbitos de la investigación y la restauración de piezas antiguas, así como la realización de actividades de tipo educativo.