La Torre Astronómica fue erigida al tiempo que se concluían la Sala Barroca y la Capilla de los Espejos en 1722, bajo la dirección del entonces rector de la universidad Frantisek Retz.

Para llegar a la cima de esta torre de 52 metros de altura hay que subir los 172 escalones de una empinada escalera de caracol, pero las vistas de la ciudad desde lo alto bien valen la pena. Sobre la torre se colocó una escultura de un imponente atlante sosteniendo sobre sus hombros una esfera celestial, que algunos historiadores atribuyen al taller de Matyas Braun.

Primero utilizada simplemente como observatorio, desde mediados del siglo XVIII fue equipada con dispositivos astronómicos diseñados por el famoso profesor de mecánica Jan Klein. Los instrumentos por él fabricados estaban entre los mejores que se podían encontrar en aquella época. Los profesores jesuitas y sus estudiantes utilizaron entonces la torre para observaciones astronómicas y climáticas. Uno de estos estudiantes, Antonin Strnad, comenzó una serie de anotaciones meteorológicas en 1775 y desde entonces los datos fueron anotados regularmente, por lo cual constituye la más larga observación climática sin interrupciones de todo el mundo.

Los astrónomos jesuitas fueron capaces de determinar el meridiano de Praga. Desde 1842, indicaban a los praguenses la hora del mediodía, haciendo flamear una bandera en lo alto de la torre, acompañada de un disparo de cañón. La gente sabía así que era el momento de detenerse para almorzar. La tradición continuó durante la Primera República, en la primera mitad del siglo XX.
La torre del Clementinum fue utilizada como observatorio astronómico hasta 1938, año en que los astrónomos se trasladaron a un nuevo observatorio en Ondrejov. La torre fue reconstruida y abierta al público, donde se pueden admirar los instrumentos astronómicos originales al tiempo que se disfruta de las vistas de Praga.

Ver también:
- Clementinum
- Sala Barroca
- Capilla de los Espejos
- La leyenda del tesoro del Clementinum